El inventario de anfibios del Parque Nacional y su Zona Periférica de Protección está formado por 15 especies, de las cuales 5 son endemismos ibéricos. Varios estudios sobre las áreas de interés para la conservación de anfibios en la Península Ibérica, han señalado la importancia de la Sierra de Guadarrama y en especial del Macizo de Peñalara en la conservación de numerosas especies.
Este espacio cuenta con una diversidad considerable en cuanto al número de especies de anfibios que alberga. Tan sólo en los humedales del Macizo de Peñalara, incluidos en el listado RAMSAR, se encuentran habitualmente nueve especies: la salamandra común (Salamandra salamandra), el tritón jaspeado (Triturus marmoratus), el introducido tritón alpino (Mesotriton alpestris), la rana común (Pelophylax perezi), la rana patilarga (Rana iberica), el sapo común (Bufo spinosus), el sapo corredor (Epidalea calamita), el sapo partero común (Alytes obstetricans) y la rana de San Antonio (Hyla molleri), aunque en algunos muestreos también fue detectado el sapillo pintojo ibérico (Discoglossus galganoi).
Cabe destacar también que en el Parque Nacional se encuentran poblaciones de especies que se encuentran en el límite superior de su rango altitudinal (Hyla molleri, Pelophylax perezi, Discoglossus galganoi y Triturus marmoratus). En conjunto se puede considerar que el Parque es una de las zonas de alta montaña europeas más importantes en cuanto a su fauna de anfibios. De hecho el número de especies que aquí se encuentran es mayor que el número total de especies conocidas en algunos países europeos (Inglaterra, Irlanda), y supera al de los otros sistemas montañosos ibéricos.
Los últimos muestreos realizados en el Parque Nacional han desvelado que el tritón jaspeado, el sapo partero común, el sapo corredor y la rana de San Antonio han experimentado una bajada de efectivos respecto a años anteriores. Por el contrario, la rana común y la rana patilarga han incrementado su abundancia. También se ha producido una considerable expansión del tritón alpino, especie no autóctona del centro de la Península, que puede observarse regularmente en algunos de los humedales del Macizo de Peñalara.
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